Saugomose teritorijose ir Europos ekologinio tinklo „Natura 2000“ teritorijose ūkinei veiklai taikomi skirtingi reikalavimai. Tai priklauso nuo to, kokiu tikslu saugoma teritorija įsteigta, kokios saugomos rūšys ir natūralios buveinės randamos vietovėje.
Saugomose teritorijose ir „Natura 2000“ teritorijose nustatyti miškų ūkio veiklos apribojimai gerina retų ir nykstančių rūšių, natūralių buveinių apsaugos būklę, tačiau dažnai sumažina miško savininkų pajamas arba didina veiklos išlaidas.
Privačių miškų savininkai ir valdytojai, kurių valdose įsteigus naują saugomą teritoriją, pakeitus esamos saugomos teritorijos ribas arba nustačius naujus veiklos apribojimus yra uždrausta anksčiau vykdyta veikla (pvz. uždraustas brandžių medynų kirtimas) arba realiai sumažėja gaunama nauda (pvz. dalis kirstinų medžių turi būti palikti neiškirsti), gali prašyti kompensacijų.
Prašant kompensacijų svarbu žinoti, kad jos mokamos tik tais atvejais, jei nuosavybės teisės į miško žemę buvo įgytos anksčiau nei įsteigta nauja saugoma teritorija arba esamoje saugomoje teritorijoje nustatyti nauji ar griežtesni veiklos apribojimai.
Pavyzdžiui, gamtiniu požiūriu vertingoje vietovėje įsteigiamas botaninis draustinis ir miškai priskiriami IIA (ekosistemų apsaugos) miškų grupei. Prieš draustinio įsteigimą miškai buvo priskirti IV (ūkinių miškų) miškų grupei. Taigi, miško valdai, įsteigus draustinį, taikytini nauji apribojimai susiję ne tik su pagrindinių miško kirtimų amžiaus padidinimu, bet ir su apribotomis ūkininkavimo IIA grupės miškuose galimybėmis, kadangi gamtinę brandą pasiekusiuose medynuose pagrindiniai plyni kirtimai yra draudžiami.
Privataus miško savininkas ar valdytojas, siekiantis gauti kompensaciją, turi turėti miško valdai parengtą, ne senesnį kaip 10 m. miškotvarkos projektą su nuostolių už ūkinės veiklos apribojimus paskaičiavimais (kompensacijai apskaičiuoti reikalingus duomenis nustato miškotvarkos projekto rengėjas).
Kompensacijų, kurios gali būti vienkartinės ar kasmetinės, dydis apskaičiuojamas individualiai kiekvieno miško sklypo atveju, atsižvelgiant į paliekamos neiškirstos medienos vertę. Kartu su kompensacijomis už nustatytus apribojimus galima prašyti kompensuoti miškotvarkos projekto parengimo išlaidas. Kreiptis dėl šių kompensacijų reikia į Valstybinės miškų tarnybos miškų kontrolės skyriaus teritorinį poskyrį pagal miško valdos buvimo vietą. Tam, kad kompensacijos būtų išmokėtos kitais metais, privataus miško savininkas ar valdytojas Valstybinės miškų tarnybos teritoriniam padaliniui iki einamųjų metų balandžio 1 d. turi pateikti prašymą išmokėti kompensaciją, Nekilnojamojo turto registro Pažymėjimą (miško valdymo teisę patvirtinantį dokumentą) bei miško valdai patvirtintą miškotvarkos projektą.
Šios kompensacijos mokamos iš valstybės biudžeto lėšų (jei veiklos apribojimus saugomoje teritorijoje nustato valstybinė institucija) arba iš savivaldybės biudžeto lėšų (jei veiklos apribojimus saugomoje teritorijoje yra nustačiusi savivaldybės Taryba).
Dauguma saugomų teritorijų Lietuvoje „persidengia“ su EB svarbos rūšims ir buveinėms išsaugoti įsteigtomis „Natura 2000“ teritorijomis. Tokiais atvejais privačių miškų savininkams jų patiriami nuostoliai kompensuojami Europos Sąjungos fondų lėšomis pagal Lietuvos kaimo plėtros 2014-2020 m. programos priemonės „Natura 2000 ir su Vandens pagrindų direktyva susijusios išmokos“ veiklos sritį „Natura 2000 išmokos miškuose“.
Pagal šią priemonę išmokos skiriamos privačių miškų savininkams ar jų asociacijoms, kai valda patenka į „Natura 2000“ teritoriją ir joje, siekiant išsaugoti EB svarbos rūšis ir jų buveines, taip pat natūralias miškų buveines, draudžiami ar ribojami miško kirtimai. Pavyzdžiui, kai draudžiami ar atidėti vėlesniam laikui pagrindiniai miško kirtimai arba leidžiami nedidelio intensyvumo atrankiniai kirtimai (leidžiant iškirsti ne daugiau kaip 10 procentų medyno tūrio per 10 metų) mokama 272 EUR/ha (pirminiu ne ilgesniu kaip 5 metų laikotarpiu) kompensacija, o pasibaigus pirminiam 5 metų laikotarpiui – 200 EUR/ha. Kai miško valdoje ar jos dalyje draudžiami ugdomieji miško kirtimai, brandžių medžių iškirtimas, draudžiami ar apriboti sanitariniai kirtimai, paliekant tam tikrą džiūstančių medžių ar sausuolių skaičių 1 ha, mokama 155 EUR/ha dydžio kompensacija. 156 EUR/ha dydžio kompensacija mokama, kai plynose pagrindinių miško kirtimų biržėse turi būti paliekamas papildomas skaičius neiškirstų žalių medžių. 62 EUR/ha – kai sanitariniais kirtimais draudžiama iškirsti visus džiūstančius ar išdžiūvusius medžius.
Į Natura 2000 teritoriją patenkančios valdos plotas, kuriam taikomi miško kirtimų apribojimai turi būti ne mažesnis kaip 0,5 ha.
Nuo 2015 m. miškų savininkai, kurių valda nepatenka į „Natura 2000“ teritoriją, tačiau valdoje yra nustatyta EB svarbos paukščių veisimosi vieta, taip pat gali prašyti kompensacijų už draudžiamus pagrindinius miško kirtimus. Šiuo atveju privataus miško savininkui už miško valdoje ar jos dalyje draudžiamus pagrindinius miško kirtimus pirmus 5 metus būtų mokama 272 EUR/ha kompensacija, vėliau, pasibaigus 5 metų laikotarpiui – 200 EUR/ha kompensacija. Aktuali informacija apie saugomų paukščių lizdavietes yra registruojama ir skelbiama Saugomų rūšių informacinėje sistemoje ir LR miškų valstybės kadastre.
„Natura 2000 išmokos“ yra mokamos ne už savanoriškai prisiimtus įsipareigojimus, bet už teisės aktais nustatytus draudimus ar privalomus apribojimus, kurie taikomi miško valdai einamaisiais deklaravimo metais.