Nuo pagonybės laikų gyva tradicija kapinynams parinkti vietas prie kryžkelių arba šventorių, aukštesnėse vietose. Išplitus krikščionybei, kiekvienas kaimas, dvaras turėjo savo kapinaites, dažnai po kelias.
Mažosios Lietuvos teritorijoje XVI a. pab. Pasitaikydavo, kad mirusįjį šeima laidojo savo žemėje. Dėl šios priežasties Prūsijos hercogas Georgas Frydrichas, aplankęs Tilžės apylinkes, 1578 m. Tilžėje išleistame ir į lietuvių kalbą išverstame įsakyme rašė: „Priegtam randame, juog prie nekuru kiemu niera tikru a priskirtu vietu kapinėms, bet pamirusuos alba lawonus ant prasta lauka ischlaidaya tai tie ischtiesos tarp chriksczanu neturetu būti…“. Galimai tuo laiku laidodavo kur kam patikdavo, todėl buvo įsakyta paskirti kapinėms atskiras vietas ir jas aptverti.
Nuo XVI a. vid. iki XIX a. ketvirto dešimtmečio Šilutės, Žibų ir Verdainės kaimų gyventojai buvo laidojami Verdainės bažnyčios šventoriuje. Ilgainiui, augant gyvenvietėms ir daugėjant gyventojų kapinės tapo per mažos. Tuo laikotarpiu ir krašto nuostatai draudė mirusiuosius laidoti bažnyčių šventoriuje, reikalauta, kad kapinės būtų įrengiamos atokiau nuo gyvenamųjų vietų. 1832 m. atidarytos naujos Verdainės evangelikų kapinės dabartinių Geležinkelio ir Tilžės gatvių sandūroje. Vietos pasirinkimą greičiausiai nulėmė tai, kad stengtasi vietą rasti arčiau parapinės Verdainės bažnyčios, tačiau, vykdant įstatymus kapinės įrengtos gyvenviečių komplekso pakraštyje.
Iš šiaurinės pusės kapines supo krūmais apaugusios pievos, rytinėje dalyje už kapinių buvo keletas sodybų sklypų. Pietinėje dalyje pro kapines ėjo kelias Klaipėda–Tilžė, vakarinėje – geležinkelio linija. Kapinėse pradėta laidoti nuo šiaurės rytų link vakarų, t.y. nuo Verdainės gyvenvietės link Žibų.
Šioje teritorijoje susidarė tam tikras kapinių tinklas: netoli nuo šių kapinių apie 1860 m. buvo įrengtos katalikų, o apie 1870 m. – žydų kapinės.
Evangelikų liuteronų kapinių teritorijai būdingas taisyklingas išplanavimas. Jos padalintos į keletą kvartalų, tie suskaidyti į dar smulkesnius kvartalus, kuriuos skiria keturiomis kryptimis einantys grunto takai. Stichiškas laidojimas ryškus pietiniame ruože, kur laidota vėliausiai – pokariu, nesilaikant įprastos struktūros.
Kapinėse daugiausia laidoti Šilutės evangelikų liuteronų tikėjimo lietuvių ir vokiečių kilmės gyventojai. Kol nebuvo atskirų katalikų kapinių, iki 1860 m. čia galėjo būti laidojami ir katalikų konfesijos asmenys, vėliau, suderinus su evangelikų dvasininkais, ir rusai stačiatikiai, sentikiai.
Antrojo pasaulinio karo metais kapinėse laidoti žuvę kariai iš apylinkių. Buvo suformuotas net vadinamasis Didvyrių kvartalas. Sovietmečiu šios kareivių kapavietės buvo sunaikintos.
1898 m. kapinės aptvertos metaline tvora, apie 1907 m. jose pastatyta mūrinė šarvojimo koplyčia išliko iki šių dienų. Ties koplyčia buvo pagrindiniai kapinių vartai.
Iš vietinių gyventojų pasakojimų aiškėja, kad kapinės buvo labai gražios, tvarkingos. Takai apsodinti dekoratyviniais krūmais, jose augo beržai, uosiai, ąžuolai, vasarą teritorija būdavo apsodinta šilokais.
1962 m. kapinės uždarytos. 1967 m. koplyčia buvo remontuojama siekiant pritaikyti ją šarvojimui. Remonto metu buvo šalinami visi krikščioniški įrašai ir simboliai.
Sovietmečiu kapinės smarkiai nukentėjo. Metaliniai kryžiai, tvorelės ir kiti elementai panaudoti kaip metalo laužas, daugelis kapaviečių rūsių perdengimų įlaužti, atsiradusios angos užpiltos šiukšlėmis.
Šiuo metu kapinių kompleksas įtrauktas į Lietuvos kultūros vertybių registrą. Šilutės senųjų kapinių kompleksą sudaro: senosios kapinės; knygininko Karlo Vilhelmo Sekunos kapas; knygų leidėjų Fridricho Adolfo Stahl ir Johanes Marijos Stahl kapas.